โรงเรียนจงรักสัตย์วิทยาเริ่มจัดตั้งอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ ๕ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๑๓ โดยมีอาคารเรือนไม้ชั้นเดียวจำนวน  ๑  หลัง  ตั้งอยู่ที่ ๑๔๕  ถนนเพชรเกษม  หมู่ที่ ๖   บ้านโคกสะตอ  ตำบลโคกโพธิ์   อำเภอโคกโพธิ์  จังหวัดปัตตานี ต่อมาได้ย้ายจากบ้านโคกสะตอ  ตำบลโคกโพธิ์  อำเภอโคกโพธิ์  จังหวัดปัตตานี และมาตั้งที่ใหม่  ณ บ้านเลขที่ ๑๕๑ ถนนเพชรเกษม หมู่ที่ ๓ ตำบลตันหยงลูโละ อำเภอเมือง จังหวัดปัตตานี

โดยมีนายหะยีแวหะมะ  แวดือเระ เป็นผู้รับใบอนุญาตและนายหะยีดราแม  แวสะแม เป็นผู้จัดการและครูใหญ่  รับนักเรียนทั้งชายและหญิง ที่จบการศึกษาภาคบังคับ เข้าเรียนวิชาศาสนาอิสลามและวิชาสามัญ การจัดการเรียนการสอนวิชาศาสนาอิสลาม ตามหลักสูตรอิสลามศึกษาตอนต้น (ชั้นปีที่ ๑ – ๔ )  ของเขตการศึกษา ๒ และวิชาสามัญตามหลักสูตรการศึกษาผู้ใหญ่ระดับ ๓ และได้ขออนุญาตเปลี่ยนแปลงหลักสูตรภาควิชาสามัญ เป็นหลักสูตรประถมศึกษาตอนปลาย ( ชั้น ป. ๕ - ป.๗ )  และได้รับอนุญาตให้ขยาย ชั้นเรียน จนถึงระดับมัธยมศึกษาตอนต้น ตามหลักสูตรมัธยมศึกษาตอนต้น ถึงชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย หลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน ซึ่งดำเนินการสอนภาคเช้าตั้งแต่เวลา ๐๘.๐๐ - ๑๑.๓๐ น.  เป็นภาควิชาศาสนาภาคบ่ายตั้งแต่เวลา ๑๑.๔๐ – ๑๖.๓๐ น. เป็นวิชาสามัญ  และได้กำหนดวันศุกร์ และวันเสาร์  เป็นวันหยุดเรียนประจำสัปดาห์

ในปีการศึกษา  ๒๕๓๗  โรงเรียนได้รับอนุญาตเปลี่ยนสภาพโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามจากมาตรา ๑๕ (๒) เป็นมาตรา ๑๕(๑) แห่งพระราชบัญญัติโรงเรียนเอกชน  พ.ศ. ๒๕๒๕  ในปีการศึกษา ๒๕๔๘โรงเรียนได้ขออนุญาตโอนกิจการโรงเรียน โดยจดทะเบียนเป็นมูลนิธิเพื่อการศึกษาโรงเรียนจงรักสัตย์วิทยา มีนายแวดาโอะ   แวดือเระ  เป็นประธานมูลนิธิ ในปีการศึกษา ๒๕๔๙ โรงเรียนได้ขออนุญาตก่อสร้างอาคารเรียน  และขยายหลักสูตร ปฐมวัย – ประถมศึกษา

ปัจจุบันโรงเรียนจัดการศึกษาเป็นโรงเรียนเอกชนในระบบ (โรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลาม) ประเภหลักสูตรควบคู่วิชาอิสลามศึกษา  หลักสูตรอิสลามศึกษา  พ.ศ. ๒๕๔๖กับวิชาสามัญ ใน ๓ ระดับ  คือ  ระดับปฐมวัย  หลักสูตรปฐมวัย พ.ศ. ๒๕๔๖  ระดับประถมศึกษา หลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน  ๒๕๕๑ ระดับมัธยมศึกษา หลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน  ๒๕๕๑   ระดับมัธยมศึกษาตอนต้นเน้นคณิตศาสตร์  ภาษา  และคอมพิวเตอร์  ส่วนในระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย  เปิดสายวิทยาศาสตร์-คณิตศาสตร์,  ศิลป์คำนวณ  และศิลป์เทคโนโลยีจัดการเรียนรู้หลักสูตรเสริม  คือ หลักสูตรกีรออาตี  หลักสูตรคู่ขนานร่วมกับวิทยาลัยการอาชีพปัตตานี